La cappella di Santa Maria rispecchia nelle sue linee generali la costruzione originaria, risalente ai primi periodi di vita del monastero, come suggeriscono anche le tracce di decorazione pittorica dell’VIII secolo ancora leggibili, in particolare all’interno, sulla parete di controfacciata. A questa prima fase fanno seguito due importanti rifacimenti costruttivi: uno connesso al ritorno dei monaci, sul finire del X secolo (in tale occasione non furono mutate le caratteristiche planimetriche ma si sostituirono gli arconi ciechi esterni con coppie di archetti); il secondo, nell’XI secolo inoltrato, quando venne ricostruito il lato settentrionale della navata, crollato per cause naturali. Il Chronicon Novalicense così parla di questa cappella (II, 2): «dinanzi al sacro cenobio, e lontana da esso un tiro di freccia, v’era una chiesa, eretta in onore della beatissima e gloriosissima vergine Maria, presso la quale si prende la via che conduce al monastero. Nelle vicinanze della chiesa v’era una casa in cui venivano ospitate le donne, nobili che fossero o di umile origine, quando giungevano al santuario per adorare Dio e onorare gli Apostoli». Infatti nell’antichità la cappella di Santa Maria segnava l’ingresso del monastero altomedievale, ne proteggeva simbolicamente l’accesso, e in questo luogo i visitatori sostavano per un breve momento di preghiera (un esempio analogo si trova nel monastero di Saint-Riquier, in Gallia). La funzione di collegamento con il mondo esterno svolta dalla cappella di Santa Maria è sottolineata non solo dal passo del Chronicon ma anche dal fatto che tutte le tombe scavate intorno ad essa appartengono a bambini e neonati. Le ricerche archeologiche hanno messo in luce, sia all’interno che all’esterno della cappella, lacerti murari di epoche diverse: alcuni riconducibili ad una struttura precedente rispetto a quella altomedievale, ma troppo frammentari per consentire di ricostruirne la pianta; altri interpretabili, verosimilmente, come tratti del recinto che delimitava il monastero su questo lato.
Nell’abside il riquadro affrescato del sec XV sulla parete ospita la figura di Maria Maddalena. La figura è rivolta verso di noi, avvolta da un lungo manto rossiccio che cade al suolo e si apre solo in prossimità del petto lasciando scoprire un risvolto in armellino, ossia in pelliccia bianca macchiettata di nero con la punta della coda dell’ermellino. Il suo volto è giovane e fresco. I lunghi capelli ramati cadono lungo le spalle, fino ai gomiti: sono i capelli con cui asciugò i piedi di Cristo bagnati dalle sue lacrime
Infatti, si racconta nel Vangelo di Luca che, «una donna, una peccatrice di Betania venne con un vasetto di olio profumato, e fermatasi dietro si rannicchiò piangendo ai piedi di Cristo e cominciò a bagnarli di lacrime, poi li asciugava con i suoi capelli, li baciava e li cospargeva di olio profumato Tra le sue mani un elegante vaso a pisside contiene il prezioso olio di nardo.
Sulla parete sinistra dell'abside di piccole dimensioni un altro riquadro affrescato sempre del sec XV dove è rappresentata Maria Egiziaca con le mani giunte in preghiera
Maria Egiziaca, monaca ed eremita egiziana, dopo una gioventù trascorsa nella dissolutezza, si sposta a Gerusalemme, seguendo un gruppo di pellegrini, e si converte al cristianesimo. Decide quindi di trascorrere il resto della sua vita in penitenza nel deserto roccioso della Giudea, simboleggiato dagli aridi e taglienti cumuli di roccia che si stagliano dietro di lei.