L’attuale edificio occupa la sede dell’ex chiesa conventuale di San Francesco, soppressa in epoca napoleonica. In precedenza la parrocchiale di San Giovanni Battista sorgeva a lato del Palazzo Comunale: ne abbiamo testimonianza dalle fonti documentarie settecentesche che la descrivono come una struttura imponente con spazi devozionali di grande rilevanza e preziosità.
Intorno alla metà del secolo XVIII, per volontà del priore commendatario Carlo Amedeo Pistone, coadiuvato dal fratello sacerdote Gaetano, vennero intrapresi lavori di ristrutturazione e abbellimento della chiesa il cui priorato fu però soppresso nel 1823 ed i beni e redditi aggregati al Capitolo di Acqui: nel 1827 l’edificio fu messo in vendita e poi abbattuto, gli altari e gli arredi sacri furono traslocati, come già ricordato, presso la chiesa dei frati minori conventuali di San Francesco, ricostruita tra il 1768 e il 1772 dall’architetto torinese Filippo Nicolis di Robilant.
Molti degli arredi della chiesa di San Francesco rimasero al proprio posto mentre alcuni furono destinati ad altri edifici ecclesiastici, sostituiti da quelli provenienti dalla chiesa di San Giovanni Battista: l’edificio è dunque frutto della contaminazione delle due tradizioni religiose.
Nel secolo XX la chiesa fu oggetto di ristrutturazioni ed interventi di forte impatto visivo che preclusero ogni possibilità di immaginare l’aspetto originario della chiesa.
Fra le opere conservate in San Giovanni ricordiamo il gruppo scultoreo della Vergine di Savona e il beato Tognotto (fine secolo XVII), il San Carlo Borromeo (inizi sec. XVII); la statua processionale del Cristo Risorto (metà del sec. XVIII), gli altari del Suffragio e del Sacro Cuore, l’altar Maggiore e balaustra tutti affidati alla famiglia Giudice di Saltrio (II metà del secolo XVIII).