La Chiesa parrocchiale di Borgomanero venne costruita in stile lombardo nel dodicesimo secolo e fu dedicata fin da subito a San Bartolomeo. Allora la chiesa era situata nel territorio della Pieve di Cureggio, che comprendeva un’area molto vasta comprendente quasi tutto l’attuale territorio borgomanerese. Della struttura iniziale rimangono la torre campanaria, gli archetti pensili sotto il “voltone” e i resti di una muratura nella navata a sud.
Nel Quattrocento, la popolazione del Borgo crebbe notevolmente grazie all’arrivo di famiglie di origine valsesiana; la conseguenza fu la necessità di avere un edificio di culto più grande, realizzato a una navata sopra sei archi. La chiesa venne consacrata il 12 maggio 1499.
La ricca borghesia borgomanerese del XVIII secolo si fece mecenate di altri interventi. Uno di questi, Giuseppe Pagani (17 agosto 1606 - 20 maggio 1680) finanziò la costruzione del “lobietto”, per ospitare gli amministratori del Contado di Novara nel giuramento di fedeltà pubblica l’allungamento della chiesa con la costruzione del “voltone”, la sopraelevazione e l’abbattimento delle arcate di fine Quattrocento.
Il 16 aprile 1681 venne emessa la bolla per l’erezione della chiesa parrocchiale in collegiata.
All’interno vi sono molte opere di notevole importanza. L’altare maggiore è di Antonio Pini fu realizzato nel 1680 ed è costituito da tre scomparti: l’inferiore con due bellissimi angeli; quello centrale con figure a tutto tondo; quello superiore che celebra la Trinità. Inoltre vi si possono vedere le opere del Morazzone: San Carlo Borromeo in gloria (1616) e Processione del santo Chiodo (1616), SS. Trinità (1620), San Rocco e gli appestati (1612 – 1615); Martirio di San Fortunato (1844) di Michele Cusa; Martirio di san Bartolomeo (metà del secolo XVIII) di Antonio Tosi detto il Cuzzio.