La chiesa di San Sebastiano si trova nel luogo ove sorgeva l’antica chiesetta di San Giacomo, la cui Confraternita era andata estinta alla fine del XV secolo, con il confluire del culto del santo della nuova Compagnia. In seguito agli eventi bellici del 1557 l’edificio venne ricostruito, prima con la realizzazione del coro ad opera dei maestri Fontana e Scala nel 1595 e in seguito facciata (1621), sino alla consacrazione avvenuta nel 1625. Una terza devozione si era nel frattempo aggiunta a quella dei santi Giacomo e Sebastiano: la Madonna del Carmine. Ulteriori lavori vennero realizzati tra XVII e XVIII secolo, con l’ampliamento dell’aula che portò la facciata a filo strada (1663), la costruzione della sacrestia e della sala del Consiglio negli anni Trenta del Settecento, e il rifacimento di coro e presbiterio. Qui intervennero alcuni fra i più grandi artisti e artigiani del momento: il luganese Beltramelli per l’altare maggiore e gli stucchi, il quadraturista Pier Antonio Pozzi e il figurinista Alessandro Trono per la decorazione della volta. Ulteriori ampliamenti furono realizzati nel XIX secolo, con la realizzazione delle due cappelle laterali e della cupola, il completamento della facciata neogotico. Tra le opere che si conservano all’interno della chiesa, la pala del coro con il Crocifisso tra i santi Giacomo, Sebastiano e due confratelli del Molineri (1625), autore anche dei quattro evangelisti nei nicchioni della volta del presbiterio, e le statue lignee processionali di San Sebastiano e della Madonna del Carmine. Dal settembre 2013 la chiesa è parte integrante del percorso del Museo diocesano San Sebastiano.